建校初期的柏林洪堡大学（Humboldt-Universitat zu Berlin，缩写HU Berlin）有4个经典学院：法学院，医学院，哲学院，神学院。此后在许多著名学者的教学研究推动下，该校又发展了许多新的学科与专业，并很快发展成为一所享誉全球的一流学府。
洪堡大学共设有11个专业学院及各种中心研究所，它的医学系是欧洲最大的。学科包含了人文、社会、文化、人类医学、农业、医学和自然科学等领域的所有基础学科，还设有全德国惟一开设的学科-社会性科学。专业齐全，现有224个专业，其中19个专业设有理科硕士专业，59个专业设有文科硕士专业。此外包括了12个语种的翻译专业，其中4个是东欧语言。
柏林洪堡大学以理科、人文、社科、生命科学最为擅长，工科相对较弱。曾经在QS的排名上，柏林洪堡大学的地理、社会学、现代语均排名德国第一；工程方面，计算机科学是柏林洪堡大学最为突出的专业，排名德国第三，仅次于慕尼黑工业大学和卡尔斯鲁厄理工学院；理科方面，数学排名最高，为德国第三位。
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